Diversidad bacteriana y de genes marcadores asociados a la degradación de hidrocarburos y a la resistencia a antibióticos en sedimentos marinos de la costa noroeste de Baja California [recurso electrónico] / Ileana Sarahi Ramos Mendoza ; dirigida por Hortencia Silva Jiménez.
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TextoDetalles de publicación: Ensenada, Baja California, 2023Descripción: 1 recurso en línea xii, 97 p. : ilTema(s): Oceanología -- Tesis y disertaciones académicas | Microbiología marina | Sedimentos marinosClasificación LoC:QR106 | R35 2023Recursos en línea: Tesis Digital.
Nota de disertación: Tesis (Maestría)--Universidad Autónoma de Baja California.Facultad de Ciencias Marinas, Ensenada, 2023. Resumen: La diversidad procariota y la presencia de genes marcadores pueden ser utilizados como indicadores de la salud de un ecosistema y la exposición de los microorganismos a diversos tipos de contaminantes. La costa noroeste de Baja California (CNBC) es un área en la que se realizan actividades antropogénicas que pueden ser fuente de diversos contaminantes, entre los que se pueden encontrar los hidrocarburos y los antibióticos. En 2018 se llevó a cabo la campaña Bight, donde se tomaron 33 muestras de sedimentos marinos en diferentes puntos a lo largo de la costa. A cada muestra se le extrajo el ADN ambiental, el cual fue utilizado como templado para amplificar A) la región V4 del gen ribosomal 16S ARNr y B) diferentes genes marcadores funcionales relacionados con la degradación de hidrocarburos y resistencia a antibióticos. Utilizando la plataforma Illumina, se realizó una secuenciación masiva de los amplicones obtenidos de la región V4 del gen ribosomal 16S ARNr. Las secuencias obtenidas fueron procesadas y analizadas con el software QIIME2, revelando que la diversidad procariota presente en la CBC se compone por 68 phyla, donde Pseudomonadota fue el phylum más abundante, seguido por Bacteroidota, Crenarchaeota y Acidobacteriota, entre otros. También se encontraron a los géneros Nitrosopumilus (arquea), Lutimonas y Desulfococcus como los géneros más abundantes dentro de las 33 muestras de sedimentos analizadas. Se realizó una inferencia metabólica de las posibles rutas presentes en cada estación, haciendo uso del software PICRUST2. Este análisis reveló la presencia de 47 rutas implicadas en la degradación de compuestos aromáticos, tres en la degradación de alifáticos y dos rutas implicadas en la resistencia a antibióticos. De los genes funcionales implicados en la degradación de hidrocarburos alifáticos y aromáticos, se utilizaron una alcano monooxigenasa (alkB) y aldolasa hidratasa (pahE), respectivamente. En el caso de los genes de resistencia a antibióticos se utilizaron sul1, CTX y qnrS. Mediante PCR de punto final se buscó la presencia de los genes mencionados en las 33 muestras de sedimentos marinos. Los amplicones de los genes de degradación de hidrocarburos se observaron en 14 estaciones para alkB y 21 estaciones en el caso de pahE; en el caso de los genes asociados a la resistencia a antibióticos estuvieron presentes en 16 estaciones (sul1), 22 (CTX) y 8 (qnrS). Los resultados permitieron conocer como es la composición procariota presente en los sedimentos marinos de la CNBC, así como inferir si tienen la capacidad de degradar hidrocarburos y resistir antibióticos. Lo descrito anteriormente nos permitió asociar la presencia de estos genes con la microbiota existente, así como elucidar la existencia de una relación entre los genes marcadores funcionales que fueron analizados y las áreas en Baja California en las que existe evidencia de una alta actividad antropogénica. Palabras clave: Diversidad procariota, genes funcionales, hidrocarburos, antibióticos.
| Tipo de ítem | Biblioteca actual | Colección | Signatura | Copia número | Estado | Fecha de vencimiento | Código de barras |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tesis | Biblioteca Central Ensenada | Colección de Tesis | QR106 R35 2023 (Browse shelf(Abre debajo)) | 1 | Disponible | ENS097741 |
Maestría.
Tesis (Maestría)--Universidad Autónoma de Baja California.Facultad de Ciencias Marinas, Ensenada, 2023.
Incluye referencias bibliográficas e índice.
La diversidad procariota y la presencia de genes marcadores pueden ser utilizados como indicadores de la salud de un ecosistema y la exposición de los microorganismos a diversos tipos de contaminantes. La costa noroeste de Baja California (CNBC) es un área en la que se realizan actividades antropogénicas que pueden ser fuente de diversos contaminantes, entre los que se pueden encontrar los hidrocarburos y los antibióticos. En 2018 se llevó a cabo la campaña Bight, donde se tomaron 33 muestras de sedimentos marinos en diferentes puntos a lo largo de la costa. A cada muestra se le extrajo el ADN ambiental, el cual fue utilizado como templado para amplificar A) la región V4 del gen ribosomal 16S ARNr y B) diferentes genes marcadores funcionales relacionados con la degradación de hidrocarburos y resistencia a antibióticos. Utilizando la plataforma Illumina, se realizó una secuenciación masiva de los amplicones obtenidos de la región V4 del gen ribosomal 16S ARNr. Las secuencias obtenidas fueron procesadas y analizadas con el software QIIME2, revelando que la diversidad procariota presente en la CBC se compone por 68 phyla, donde Pseudomonadota fue el phylum más abundante, seguido por Bacteroidota, Crenarchaeota y Acidobacteriota, entre otros. También se encontraron a los géneros Nitrosopumilus (arquea), Lutimonas y Desulfococcus como los géneros más abundantes dentro de las 33 muestras de sedimentos analizadas. Se realizó una inferencia metabólica de las posibles rutas presentes en cada estación, haciendo uso del software PICRUST2. Este análisis reveló la presencia de 47 rutas implicadas en la degradación de compuestos aromáticos, tres en la degradación de alifáticos y dos rutas implicadas en la resistencia a antibióticos. De los genes funcionales implicados en la degradación de hidrocarburos alifáticos y aromáticos, se utilizaron una alcano monooxigenasa (alkB) y aldolasa hidratasa (pahE), respectivamente. En el caso de los genes de resistencia a antibióticos se utilizaron sul1, CTX y qnrS. Mediante PCR de punto final se buscó la presencia de los genes mencionados en las 33 muestras de sedimentos marinos. Los amplicones de los genes de degradación de hidrocarburos se observaron en 14 estaciones para alkB y 21 estaciones en el caso de pahE; en el caso de los genes asociados a la resistencia a antibióticos estuvieron presentes en 16 estaciones (sul1), 22 (CTX) y 8 (qnrS). Los resultados permitieron conocer como es la composición procariota presente en los sedimentos marinos de la CNBC, así como inferir si tienen la capacidad de degradar hidrocarburos y resistir antibióticos. Lo descrito anteriormente nos permitió asociar la presencia de estos genes con la microbiota existente, así como elucidar la existencia de una relación entre los genes marcadores funcionales que fueron analizados y las áreas en Baja California en las que existe evidencia de una alta actividad antropogénica. Palabras clave: Diversidad procariota, genes funcionales, hidrocarburos, antibióticos.
