000			04006nam a22002777a 4500
999			_c239799 _d239798
003			MX-MeUAM
005			20201112112249.0
008			200930s2020 mx fo d spa d
040			_aMX-MeUAM _bspa
050		0	_aQH447.6 _bB42 2020
100	1		_aBecerra Buenrostro, José Luis _922140
245	1	0	_aDetección de señales de selección en ganado bovino utilizando marcadores SNP de alta densidad _h[recurso electrónico] / _cJosé Luis Becerra Buenrostro ; director, Rafael Villa Angulo ; codirector, Ricardo Salomón Torres
260			_aMexicali, Baja California, _c2020
300			_aRecurso en línea, 106 p. : _bil. col.
500			_aMaestría en Ciencias
502			_aTesis (Maestría ) -- Universidad Autónoma de Baja California. Instituto de Ingeniería, Mexicali, 2020
520			_aLas señales de selección (SS) son definidas como regiones en el genoma que albergan variaciones funcionales importantes en secuencias de ADN y que han estado sujetas, ya sea a presión natural o artificial, dejando un patrón especial en dichas regiones. Existen diversos métodos para detectar SS, entre ellos los basados en la Homocigosidad Haplotípica Extendida, EHH (Extended Haplotype Homozygosity por sus siglas en inglés) definida como la probabilidad de que dos cromosomas elegidos al azar que portan el mismo alelo en un SNP particular (SNP focal), sean idénticos por descendencia para todo un intervalo (bloque), desde el SNP focal a una distancia dada en torno a él. Una extensión de EHH es el estadístico iHS (Integrated Haplotype Score, por sus siglas en inglés), que compara EHH entre los alelos ancestrales y derivados en una población. El objetivo de este trabajo de tesis fue detectar la presencia de señales de selección positiva en 19 linajes bovinos, mediante el análisis de iHS en haplotipos de alta densidad. La información genética provenía de 507 especímenes de ganado bovino cuyos linajes pertenecen a las subespecies: Bos taurus y Bos indicus. Después de aplicar los filtros de calidad, el número promedio de marcadores retenidos por cromosoma fue de 546,961 SNPs, lo que equivale al 73.62 % de los SNPs autosomales comprendidos en el BovineHD Genotyping BeadChip. Para el cálculo de iHS se utilizó la paquetería rehh en el entorno de programación R, se promediaron los valores absolutos de iHS a lo largo de todo el genoma en regiones sin traslape de 500 Kb de longitud (|iHS|). Se generaron gráficas de Manhattan para observar la distribución de los valores de |iHS| estandarizados y se establecieron como regiones significativas aquellas que superaron el valor extremo 2.33, que representa un intervalo de confidencia del 98 % (α=0.02). El IX análisis reveló señales de selección positiva de intensidad variable en las 19 razas, con un valor promedio de regiones significativas por raza de 51, lo que corresponde al 1%. Se analizaron las 5 regiones más significativas para inspeccionar la presencia de elementos anotados utilizando la base de datos btaurus_gene_ensembl (BioMart) y la base de datos AnimalQTLdb para rasgos de producción asociados. Numerosos elementos genéticos como genes, pseudogenes, transcritos de RNA y QTL fueron detectados, mayormente vinculados a procesos de producción, reproducción, metabolismo y sistema inmune, algunos de los cuales han sido reportados es estudios previos.
650		7	_aPolimorfismos de un solo nucleótido _2lemb _vTesis y disertaciones académicas. _xManuales de laboratorio
650		7	_aGanado vacuno _2lemb _vTesis y disertaciones académicas.
650		7	_aPolimorfismos genéticos _2lemb _vTesis y disertaciones académicas.
700	1		_aVilla Angulo, Rafael _92041 _edir.
700	1		_aSalomón Torres, Ricardo _95311 _ecodir.
710	2		_93321 _aUniversidad Autónoma de Baja California. _bInstituto de Ingeniería
856	4		_uhttps://drive.google.com/file/d/1A_7wwmRxpSH3urkAl376RXx0H5KXOv_2/view?usp=sharing _zTesis Digital.
942			_cTESIS