Detección de señales de selección en ganado bovino utilizando marcadores SNP de alta densidad
Becerra Buenrostro, José Luis
Detección de señales de selección en ganado bovino utilizando marcadores SNP de alta densidad [recurso electrónico] / José Luis Becerra Buenrostro ; director, Rafael Villa Angulo ; codirector, Ricardo Salomón Torres - Mexicali, Baja California, 2020 - Recurso en línea, 106 p. : il. col.
Maestría en Ciencias
Tesis (Maestría ) -- Universidad Autónoma de Baja California. Instituto de Ingeniería, Mexicali, 2020
Las señales de selección (SS) son definidas como regiones en el genoma que albergan variaciones
funcionales importantes en secuencias de ADN y que han estado sujetas, ya sea a presión natural
o artificial, dejando un patrón especial en dichas regiones. Existen diversos métodos para detectar
SS, entre ellos los basados en la Homocigosidad Haplotípica Extendida, EHH (Extended
Haplotype Homozygosity por sus siglas en inglés) definida como la probabilidad de que dos
cromosomas elegidos al azar que portan el mismo alelo en un SNP particular (SNP focal), sean
idénticos por descendencia para todo un intervalo (bloque), desde el SNP focal a una distancia
dada en torno a él. Una extensión de EHH es el estadístico iHS (Integrated Haplotype Score, por
sus siglas en inglés), que compara EHH entre los alelos ancestrales y derivados en una población.
El objetivo de este trabajo de tesis fue detectar la presencia de señales de selección positiva en 19
linajes bovinos, mediante el análisis de iHS en haplotipos de alta densidad. La información
genética provenía de 507 especímenes de ganado bovino cuyos linajes pertenecen a las
subespecies: Bos taurus y Bos indicus.
Después de aplicar los filtros de calidad, el número promedio de marcadores retenidos por
cromosoma fue de 546,961 SNPs, lo que equivale al 73.62 % de los SNPs autosomales
comprendidos en el BovineHD Genotyping BeadChip.
Para el cálculo de iHS se utilizó la paquetería rehh en el entorno de programación R, se
promediaron los valores absolutos de iHS a lo largo de todo el genoma en regiones sin traslape de
500 Kb de longitud (|iHS|). Se generaron gráficas de Manhattan para observar la distribución de
los valores de |iHS| estandarizados y se establecieron como regiones significativas aquellas que
superaron el valor extremo 2.33, que representa un intervalo de confidencia del 98 % (α=0.02). El
IX
análisis reveló señales de selección positiva de intensidad variable en las 19 razas, con un valor
promedio de regiones significativas por raza de 51, lo que corresponde al 1%.
Se analizaron las 5 regiones más significativas para inspeccionar la presencia de elementos
anotados utilizando la base de datos btaurus_gene_ensembl (BioMart) y la base de datos
AnimalQTLdb para rasgos de producción asociados. Numerosos elementos genéticos como genes,
pseudogenes, transcritos de RNA y QTL fueron detectados, mayormente vinculados a procesos de
producción, reproducción, metabolismo y sistema inmune, algunos de los cuales han sido
reportados es estudios previos.
Polimorfismos de un solo nucleótido--Manuales de laboratorio--Tesis y disertaciones académicas.
Ganado vacuno--Tesis y disertaciones académicas.
Polimorfismos genéticos--Tesis y disertaciones académicas.
QH447.6 / B42 2020
Detección de señales de selección en ganado bovino utilizando marcadores SNP de alta densidad [recurso electrónico] / José Luis Becerra Buenrostro ; director, Rafael Villa Angulo ; codirector, Ricardo Salomón Torres - Mexicali, Baja California, 2020 - Recurso en línea, 106 p. : il. col.
Maestría en Ciencias
Tesis (Maestría ) -- Universidad Autónoma de Baja California. Instituto de Ingeniería, Mexicali, 2020
Las señales de selección (SS) son definidas como regiones en el genoma que albergan variaciones
funcionales importantes en secuencias de ADN y que han estado sujetas, ya sea a presión natural
o artificial, dejando un patrón especial en dichas regiones. Existen diversos métodos para detectar
SS, entre ellos los basados en la Homocigosidad Haplotípica Extendida, EHH (Extended
Haplotype Homozygosity por sus siglas en inglés) definida como la probabilidad de que dos
cromosomas elegidos al azar que portan el mismo alelo en un SNP particular (SNP focal), sean
idénticos por descendencia para todo un intervalo (bloque), desde el SNP focal a una distancia
dada en torno a él. Una extensión de EHH es el estadístico iHS (Integrated Haplotype Score, por
sus siglas en inglés), que compara EHH entre los alelos ancestrales y derivados en una población.
El objetivo de este trabajo de tesis fue detectar la presencia de señales de selección positiva en 19
linajes bovinos, mediante el análisis de iHS en haplotipos de alta densidad. La información
genética provenía de 507 especímenes de ganado bovino cuyos linajes pertenecen a las
subespecies: Bos taurus y Bos indicus.
Después de aplicar los filtros de calidad, el número promedio de marcadores retenidos por
cromosoma fue de 546,961 SNPs, lo que equivale al 73.62 % de los SNPs autosomales
comprendidos en el BovineHD Genotyping BeadChip.
Para el cálculo de iHS se utilizó la paquetería rehh en el entorno de programación R, se
promediaron los valores absolutos de iHS a lo largo de todo el genoma en regiones sin traslape de
500 Kb de longitud (|iHS|). Se generaron gráficas de Manhattan para observar la distribución de
los valores de |iHS| estandarizados y se establecieron como regiones significativas aquellas que
superaron el valor extremo 2.33, que representa un intervalo de confidencia del 98 % (α=0.02). El
IX
análisis reveló señales de selección positiva de intensidad variable en las 19 razas, con un valor
promedio de regiones significativas por raza de 51, lo que corresponde al 1%.
Se analizaron las 5 regiones más significativas para inspeccionar la presencia de elementos
anotados utilizando la base de datos btaurus_gene_ensembl (BioMart) y la base de datos
AnimalQTLdb para rasgos de producción asociados. Numerosos elementos genéticos como genes,
pseudogenes, transcritos de RNA y QTL fueron detectados, mayormente vinculados a procesos de
producción, reproducción, metabolismo y sistema inmune, algunos de los cuales han sido
reportados es estudios previos.
Polimorfismos de un solo nucleótido--Manuales de laboratorio--Tesis y disertaciones académicas.
Ganado vacuno--Tesis y disertaciones académicas.
Polimorfismos genéticos--Tesis y disertaciones académicas.
QH447.6 / B42 2020
